The impact of COVID-19 on microbiological profile and antibiotic consumption in ICU: a retrospective study in an infectious disease hospital in Brazil

Abstract Background The COVID-19 pandemic has triggered crises in the public health sector that have complex and multifaceted interrelationships with antimicrobial resistance. It is important to evaluate the impact of COVID-19 on microbiological profile, antibiotic and alcohol gel consumption in Intensive Care Units (ICU). Methods This is a retrospective study undertaken in an infectious disease hospital located in Bahia/Brazil during three periods: from March 2019 to February 2020; from March 2020 to February 2021; and from March 2021 to February 2022. It was evaluated the incidence density of Candida spp and of multidrug-resistant Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa, and Enterobacter species (ESKAPE group) in blood, urine and tracheal secretion isolated 48 h after the patient's admission to the ICU, as well as the use of alcohol gel (in milliliters) and consumption of antibiotics in Defined Daily Dose (DDD) per 1,000 ICU patient-days in the previous year and in the first two years of COVID-19 pandemic. Results There was an increase in Candida spp. (5.81, p < 0.001, IRR = 10.47, 95 % CI 2.57‒42.62) and in carbapenem-resistant A. baumannii in clinical cultures (4.71, p < 0.001, IRR = 8.46, 95 % CI 2.07‒34.60), the latter mainly in tracheal secretions (3.18, p =0.02, IRR = 11.47, 95 % CI 1.58‒83.39). A rise in the consumption of ceftriaxone and piperacillin-tazobactam, along with an increase in the utilization of alcohol gel were observed. Conclusion The shifting microbiological profile can be attributed to both the unique characteristics of patients with COVID-19 and the adjustments made to healthcare facilities' structural and work routines. Understanding these changes is essential in addressing the accelerated impact of antimicrobial resistance during the pandemic. Therefore, conducting thorough reviews of institutional practices and routines becomes critical in mitigating the consequences of antimicrobial resistance and its implications for patient care.

Prevalence and antimicrobial susceptibility of respiratory pathogens in patients with cystic fibrosis

Respiratory infection is very common in patients suffering from cystic fibrosis (CF). However, the antimicrobial resistance rate of isolates from CF patients is not often documented. In this study, 279 respiratory specimens of 146 patients were prospectively collected from July to December 2006. Microbiological cultures and antimicrobial susceptibility tests of the most frequently isolated bacteria were performed. Sputum and oropharyngeal swabs were processed for culture. During the study period, 50 percent of the patients harbored Staphylococcus aureus, 35 percent Pseudomonas aeruginosa, 4.7 percent Haemophilus influenzae. Methicillin resistant S. aureus (MRSA) were detected in 8 (6 percent) patients; ESBL and MBL-producing P. aeruginosa were not identified in these patients. The detection of MRSA in CF patients confirms that antimicrobial resistance patterns should be always kept under surveillance. Moreover, hygiene regulations in CF clinics should prevent a further spread of resistant bacterial strains.

Caracterizaçäo de um gene de Paracoccidioides brasiliensis homólogo ao LON, que codifica uma proteinase mitocondrial ATP-dependente / Characterization of Paracoccidioides brasiliensis gene LON homologue, encodes a proteinase mitocondrial ATP-dependente

Um gene homólogo ao LON do patógeno humano Paracoccidioides brasiliensis (PbLON) foi clonado, sequenciado e caracterizado (AF239178). O gene codifica para uma proteinase Lon ATP-dependente putativa, que em Saccharomyces cerevisiae é uma proteína induzida pelo calor envolvida na degradaçao de proteínas anormais ou de vida curta da matriz mitocondrial. A fase aberta de leitura (ORF) do PbLON está contida em um fragmento de 3369 bp interrompido por dois introns localizados no segmento C-terminal. As regioes 5' e 3' flanqueando a ORF contém sequências que se assemelham a elementos de início e final de transcriçao. Vários motivos de ligaçao de fatores de transcriçao também foram observados, incluindo HSE e STRE-like, relacionados à resposta de estresse ou de choque térmico, e NIT2, relacionado ao controle do metabolismo de nitrogênio. A proteína deduzida de PbLON consiste em 1063 resíduos de aminoácidos que contém um sinal putativo de importe mitocondrial no N-terminal e regioes conservadas do sítio de ligaçao de ATP (GPPGVGKT) e sítio da serina catalítica (KDGPSAG). A seqüência apresenta alta similaridade com proteínas homólogas de S. cerevisiae, Homo sapiens e Escherichia coli, estando filogeneticamente mais próxima à de levedura. Em P. brasiliensis, um gene homólogo ao MDJ1 (GenBank AF334811) foi encontrado adjacente ao PbLON e parcialmente sequenciado. Os genes possuem uma regiao 5' intergênica comum e possivelmente compartilham elementos de promotor e de transcriçao opostamente orientados. Esta organizaçao cromosomal é interessante, pois Mdj1 p é um chaperone de choque térmico da matriz mitocondrial, e é essencial para degradaçao de substratos desnaturados pela Lon em S. cerevisiae. O mapeamento cromossômico dos homólogos PbLON e PbMDJ1 em P. brasiliensis mostrou que esses genes estao ligados em 12 isolados estudados, mapeando geralmente em uma banda de 10Mb. Através de Southern blot de 13 outros isolados, foi possível distinguir três com um polimorfismo numa regiao 3' do PbLON. Esses genes sao aparentemente de cópia única, sendo que um transcrito de -3,5 kb foi observado para PbLON e outro de -2,5 kb para PbMDJ1. Aparentemente, ambos foram mais expressos após 30 min de choque térmico a 42ºC, como verificado por Northern blot. A presença de mRNA do PbLON foi detectada através de RT-PCR tanto da fase miceliana quanto leveduriforme do fungo. A obtençao da Lon recombinante de P. brasiliensis está em andamento

Caracterizaçäo de Paracoccidioides brasiliensis homólogo ao LON, que codifica uma proteína mitocondrial ATP-dependente / Characterization of a Paracoccidioides brasiliensis gene LON homologue, encodes a proteinase mitocondrial ATP-dependente

Um gene homólogo ao LON do patógeno humano Paracoccidioides brasiliensis (PbLON) foi clonado, sequenciado e caracterizado (AF239178). O gene codifica para uma proteinase Lon ATP-dependente putativa, que em Saccharomyces cerevisiae é uma proteína induzida pelo calor envolvida na degradaçao de proteínas anormais ou de vida curta da matriz mitocondrial. A fase aberta de leitura (ORF) do PbLON está contida em um fragmento de 3369 bp interrompido por dois introns localizados no segmento C-terminal. As regioes 5' e 3' flanqueando a ORF contêm sequências que se assemelham a elementos de início e final de transcriçao. Vários motivos de ligaçao de fatores de transcriçao também foram observados, incluindo HSE e STRE-like, relacionados à resposta de estresse ou de choque térmico, e NIT2, relacionado ao controle do metabolismo de nitrogênio. A proteína deduzida de PbLON consiste em 1063 resíduos de aminoácidos que contêm um sinal putativo de importe mitocondrial no N-terminal e regioes conservadas do sítio de ligaçao de ATP (GPPGVGKT) e sítio da serina catalítica (KDGPSAG). A seqüência apresenta alta similaridade com proteínas homólogas de S. cerevisiae, Homo sapiens e Escherichia coli, estando filogeneticamente mais próxima à de levedura. Em P. brasiliensis, um gene homólogo ao MDJ1 (GenBank AF334811) foi encontrado adjacente ao PbLON e parcialmente sequenciado. Os genes possuem uma regiao 5' intergênica comum e possivelmente compartilham elementos de promotor e de transcriçao opostamente orientados. Esta organizaçao cromosomal é interessante, pois Mdj1 p é um chaperone de choque térmico da matriz mitocondrial, e é essencial para degradaçao de substratos desnaturados pela Lon em S. cerevisiae. O mapeamento cromossômico dos homólogos PbLON e PbMDJ1 em P. brasiliensis mostrou que esses genes estao ligados em 12 isolados estudados, mapeando geralmente em uma banda de 10Mb. Através de Southern blot de 13 outros isolados, foi possível distinguir três com um polimorfismo numa regiao 3' do PbLON. Esses genes sao aparentemente de cópia única, sendo que um transcrito de -3,5 kb foi observado para PbLON e outro de -2,5 kb para PbMDJ1. Aparentemente, ambos foram mais expressos após 30 min de choque térmico a 42ºC, como verificado por Northem blot. A presença de mRNA do PbLON foi detectada através de RT-PCR tanto da fase miceliana quanto leveduriforme do fungo. A obtençao da Lon recombinante de P. brasiliensis está em andamento.

Partial chemical characterization of antigenic preparations of chromoblastomycosis agents

Antigenic preparations (saline, methylic, metabolic and exoantigens) of four agents of chromoblastomycosis, Fonsecaea pedrosoi, Phialophora verrucosa, Cladophialophora (Cladosporium) carrionii and Rhinocladiella aquaspersa were obtained. Partial chemical characterization of these antigenic preparations was obtained by determination of the levels of total lipids, protein, and carbohydrates, and identification of the main sterols and carbohydrates. Methylic antigens presented the highest lipid contents, whereas metabolic antigens showed the highest carbohydrate content. Total lipid, protein, and carbohydrate levels were in the range of 2.33 to 2.00 mg/ml, 0.04 to 0.02 mg/ml and 0.10 to 0.02 mg/ml, respectively, in the methylic antigens and in the range of 0. 53 to 0.18 mg/ml, 0.44 to 0.26 mg/ml, and 1.82 to 1.02 mg/ml, respectively, in saline antigens. Total lipid, protein, and carbohydrate contents were in the range of 0.55 to 0.20 mg/ml, 0.69 to 0.57 mg/ml and 10.73 to 5.93 mg/ml, respectively, in the metabolic antigens, and in the range of 0.55 to 0.15 mg/ml, 0.62 to 0.20 mg/ml and 3.55 to 0.42 mg/ml, respectively, in the exoantigens. Phospholipids were not detected in the preparations. Saline and metabolic antigens and exoantigens presented hexose and the methylic antigen revealed additional pentose units in their composition. The UV light absorption spectra of the sterols revealed squalene and an ergosterol fraction in the antigens. The characterization of these antigenic preparations may be useful for serological evaluation of patients of chromoblastomycosis.